决定配子中染色体组合多样性的因素包括$\rm (\qquad)$

同源染色体的复制加倍以及平均分配

同源染色体的联会和非同源染色体的自由组合

同源染色体的联会和非姐妹染色单体的互换

四分体的非姐妹染色单体的互换和非同源染色体的自由组合

在生物体进行有性生殖的过程中，控制不同性状的非等位基因的重新组合，这是配子中染色体组合具有多样性的根本原因，包括非姐妹染色单体的交叉互换和非同源染色体的自由组合。

$\rm A$、同源染色体的复制加倍以及平均分配不会导致配子中染色体组合的多样性，$\rm A$错误；

$\rm B$、同源染色体的联会不会导致配子中染色体组合的多样性，$\rm B$错误；

$\rm C$、同源染色体的联会不会导致配子中染色体组合的多样性，$\rm C$错误；

$\rm D$、减数分裂过程中，四分体时期非姐妹染色单体的互换和减数第一次分裂后期非同源染色体的自由组合属于基因重组，都会增加配子中染色体组合的多样性，$\rm D$正确。

故选：$\rm D$。